Num futuro próximo o mundo encontrar-se-á totalmente computadorizado. Seres humanos com interfaces e cérebros artificiais fundem-se com máquinas dando lugar a um nível de existência entre o mundo físico e a rede digital. Para combater os crimes relacionados com as novas tecnologias foi criada uma força de choque antiterrorista com indivíduos "melhorados" capazes de perseguir tantos os criminosos do mundo físico como os do mundo virtual. A tenente cyborg Makoto Kusanagi e os seus companheiros da Secção 9 devem resolver uma delicada crise de reféns, deter um tanque de assalto de última geração o que está fora de controlo e determinar a causa dos misteriosos suicídios de uma série de robôs. Tudo isto antes de se enfrentar com o perigoso pirata informático conhecido pelo nome de o "Homem que Ri".