ซีซั่นที่ 6 เกิดขึ้นหลังจากซีซั่นที่ 5 เป็นเวลา 20 เดือน ในช่วง 11 สัปดาห์ที่ผ่านมาก่อนวันที่ 6 สหรัฐอเมริกาตกเป็นเป้าโจมตีชายฝั่งถึงชายฝั่งด้วยเหตุระเบิดฆ่าตัวตายหลายครั้ง ชายคนหนึ่งชื่ออาบู ฟาเยดตกลงที่จะมอบที่ตั้งของฮัมรี อัล-อัสซาด ซึ่งคาดว่าเป็นผู้บงการการโจมตีเหล่านี้แก่สหรัฐฯ เพื่อแลกกับอดีตเจ้าหน้าที่ CTU แจ็ค บาวเออร์ ซึ่งเขามีความแค้นเป็นการส่วนตัวด้วย