Evangelion Jednostka 00 zostaje w końcu naprawiona, po tym jak wpadła w stan 'berserk' podczas eksperymentu, który miał miejsce przed wydarzeniami z pierwszego odcinka. Shinji stara się lepiej poznać pilota Evy 00, Rei Ayanami, jednak dziewczyna okazuje się być bardzo zamknięta w sobie, odcięta od świata i pozbawiona przyjaciół, a jej przeszłość zdaje się nie istnieć. W tym czasie w Tokio-3 pojawia się trzeci Anioł, Ramiel.