La terza stagione della serie si divide in due volumi, “Criminali” e “Fuggitivi”. Il primo volume riparte con uno scorcio del futuro che rivela l’identità dell’attentatore di Nathan, che nel finale della stagione precedente era stato sparato mentre stava per dichiarare l’esistenza degli heroes durante una conferenza stampa. Il nucleo della prima parte della stagione ruota intorno alla creazione di un siero capace di far ottenere i poteri anche alle persone normali, mentre nella seconda parte il focus principale è inerente al tentativo del governo di catturare gli heroes e internarli.