Tandis que Scully poursuit ses recherches sur l'implant métallique qu'elle portait en elle, Mulder se retrouve pris au piège dans le train censé contenir le cadavre d'un extra-terrestre. Le problème, c'est qu'il n'est pas tout seul : un assassin a été chargé d'éliminer le savant japonais qui a en charge le corps en question...