Les forces de l'Alliance terrestre se regroupent sur la base de la Lune et s'apprêtent à lancer une offensive massive sur les PLANT. A cet effet, le nouveau commandant du Dominion entraîne son équipage aux situations de combat. C'est alors que le Dominion se voit confier la mission de traquer et de détruire l'Archangel, avec l'aide du Forbidden, du Calamity et du Raider.