La temporada 3 se reanuda después de los dramáticos eventos de la 2, con Emily acercándose a su suspensión del FBI. Todo se da la vuelta cuando uno de los casos penales de Nick amenaza la vida de la familia de Emily. Sus esfuerzos por desentrañar una conspiración la llevan a Europa, poniéndola a prueba y obligándola a aprender a confiar y a amar de nuevo. Al final encuentra su lugar en el mundo.