Chise Hatori es una chica de 15 años en cuya vida ha sufrido rechazo y desolación. Ha perdido tanto a su familia como amigos por tener la habilidad de ver seres sobrenaturales. Esto hace que la recluyan y conviertan en huérfana. Un día, un mago llamado Elias Ainsworth la compra y la convierte en su aprendiz y le promete convertirla en su esposa. Su nueva vida transcurre pacíficamente, cuando un día recibe de Angelica un libro ilustrado japonés que leyó en su infancia. Detrás del libro se halla una historia sobre un chico llamado Miura y una extraña biblioteca que Chise encontró en el bosque cuando era niña.