Um Pain zu bekämpfen, begibt sich Naruto zum Berg Myoboku, da er dort das Jutsu der Weisen von der weisen Kröte Fukasaku erlernen möchte. Unterdessen versuchen die Ninjas aus Konoha mit Hilfe von Jiraiyas Infos herauszufinden, auf welche Weise man Pain besiegen könnte, als dieser plötzlich und selbst am helllichten Tag mit seinen sechs Körpern Konoha angreift.