Der zweite Angriff von GENESIS legt die Verstärkung der Erdallianz lahm und zerstört ihre Mondbasis Ptolemaeus. Die Three Ship Alliance rettet die PLANTs vor der zweiten Welle von Atombomben. Mu kämpft gegen Rau in der ZGMF-X13A Providence, während Kira und Athrun die Forbidden, Raider und Calamity bekämpfen. Auf der Dominion befiehlt Muruta der Besatzung, auf die Archangel zu feuern, die angehalten hat, um einen verwundeten Mu zu bergen. Flay versucht, den Erzengel zu warnen, woraufhin Muruta sie körperlich angreift und versucht, sie zu erschießen.