Zu Beginn der Staffel versuchen unsere Helden, ihren Alltag zurückzubekommen. Claire findet es sehr schwer, zu vergessen, was gewesen ist, und einfach nur aufs College zu gehen. Hiro Nakamura geht zurück nach Japan, wo er erfährt, dass er an einer unheilbaren Krankheit leidet. Ihm wird klar, dass er noch einiges erledigen muss. Peter Petrelli arbeitet in New York wieder als Rettungssanitäter und H.R.G. gewöhnt sich an das Leben als Single. Aber als Mohinder Suresh ihm klarmacht, dass eine neue große Gefahr naht, überlegt er, sich wieder in den Kampf zu stürzen. Als Nathan Petrelli in den Senat zurückkehrt, bemerkt er seltsame Veränderungen an sich. Matt Parkman ist wieder der gewohnte Familienvater, stellt jedoch fest, dass es tief in seinem Inneren rumort. Und auf einem Jahrmarkt erweist sich eine Gruppe gefährlicher Menschen mit Superkräften als neue große Herausforderung.