Die Metarex führen Übles im Schilde: Sie planen, das gesamte Universum – wie sie es nennen – „aufzuräumen“. Darunter verstehen sie, dass alles tierische Leben vernichtet werden soll. Doch Eggman kommt ihnen auf die Schliche, indem er sich scheinbar mit ihnen verbündet und als Doppelagent tätig wird …